UMD recibe $ 1.8 millones a mejorar las herramientas de análisis de datos genómicos

Universidad de Maryland

Un experto en genómica Universidad de Maryland ha sido galardonado con una subvención de $ cuales 1,8 millones de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) para ampliar la funcionalidad del software de visualización de datos de código abierto que puede ayudar a identificar los marcadores genéticos para el cáncer y otras enfermedades.

H & # 233; ctor Corrada Bravo, profesor asistente de ciencias de la computación con las citas en UMIACS y el Centro de Bioinformática y Biología Computacional, es investigador principal (PI) de la subvención de cuatro años.

Corrada Bravo y otros aumentarán Bioconductor, un proyecto de software del estado de la técnica que puede proporcionar un mejor análisis y comprensión de los datos genómicos de alto rendimiento.

“El proyecto Bioconductor es un actor principal en el desarrollo de herramientas de análisis estadísticos y computacionales para datos de genómica de alto rendimiento”, dice. “Esta donación nos ayudará a hacer una contribución significativa a este gran proyecto, en colaboración, a la vez que fomentar el trabajo en los métodos de análisis estadístico y visual en curso en la Universidad de Maryland.”

Los investigadores ya han prototipo de herramientas de visualización integradores que trabajan codo a codo con la plataforma Bioconductor, dice Corrada Bravo. Esto incluye Epiviz, una aplicación basada en la web interactiva para el análisis de datos funcionales.

“Estos son los tipos de herramientas que pueden ayudar en la interpretación de grandes cantidades de datos biológicos complejos,” dice Veerasamy “Ravi” Ravichandran, Ph.D., del Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales de los NIH, que se encargará de la subvención. “Biólogos computacionales como H & # 233; ctor Corrada Bravo pueden facilitar el progreso al hacer estas herramientas más potente, intuitiva e interactiva.”

Corrada Bravo se unió en el proyecto por profesores asociados Mihai Pop (informática y CBCB) y Niklas Elmqvist (Colegio de Estudios de la Información) – ambas con citas en UMIACS – y Martin Morgan del Instituto del Cáncer Roswell Park y PI de la Bioconductor proyecto.

Elmqvist dice que va a trabajar en los componentes humanos de interacción y visualización del proyecto.

“Los usuarios necesitan que sus datos pueden resumir adecuadamente para realizar el análisis es posible, pero incluso si podíamos mostrar todos los detalles, al mismo tiempo, sería abrumadora”, dice Elmqvist. “En lugar de ello, mi trabajo estará en formas de resumir los datos, así como permitir a los científicos para navegar por los datos, evitando la sobrecarga de información.”

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